Spremljajo stanje rastlinstva in živalstva med gradnjo drugega tira. So obveznost družbe 2TDK pri varovanju in ohranjanju narave.
Monitoringi habitatnih tipov se izvajajo v Lokvi pri Divači, dolini Glinščice in na širšem območju Tinjana, kjer se izmenjujejo površine toploljubnih listnatih gozdov z zasaditvami črnega bora.
Monitoringi vodnih organizmov se izvajajo v dolini Glinščice, v območju Osapske reke in Škofijskega potoka.
Med monitoringom rib in rakov je bila v potoku Glinščica ugotovljena prisotnost predvsem primorske belice in raka koščaka. V Osapski reki je med ribami mogoče najti štrkavca, primorskega pisanca, primorsko belico in jeguljo ter raka koščaka.
Pri monitoringu dvoživk je bila v kalih, lokvah in mokriščih ugotovljena prisotnost navadne krastače, rosnice, navadnega/robatega pupka, velikega pupka, navadnega močerada, zelene rege, hribskega urha in zelene žabe.

Stari Kal
Monitoring netopirjev spremlja stanje netopirjev blizu delovišča gradbenih del. Izguba njihovih drevesnih zatočišč zaradi poseka gozda med gradnjo se je delno nadomestila s 45 netopirnicami kot omilitvenim ukrepom.

Netopirnica v dolini Glinščice
Monitoring ptic vključuje popis dnevnih in nočnih ptic predvsem v dolini Glinščice in na območju Črnega Kala, kjer so veliki strnad, smrdokavra, poljski in hribski škrjanec, rjavi srakoper, velika uharica, veliki skovik in podhujka.

Velika uharica