Premostitve kraških pojavov v predorih Lokev (T1) in Beka (T2) ter na delu odprte trase od Divače do prvega predora so v celoti izvedene.
Na trasi drugega tira se je naletelo na nekatere tako velike kraške jame, da jih je bilo treba premostiti s posebnimi konstrukcijami. Gre za mostove pod zemljo (ločne konstrukcije), ki v času obratovanja proge ne bodo vidni, saj se nahajajo pod predorsko cevjo, a so nujno potrebni za stabilnost proge.
Premostitvene konstrukcije so bile potrebne pri jami 2TDK-066 in 2TDK-080 v glavni in servisni cevi. Najdaljši most pod zemljo je meril 46 metrov, vsi mostovi pa so se gradili v 6-kilometrskih predorih več kot 100 metrov pod zemljo. Zahtevnejša premostitvena konstrukcija se je naredila tudi preko jame 2TDK-076 v predoru Lokev (T1).
Na trasi drugega tira med Divačo in Koprom se je sicer naletelo še na 7 kraških pojavov v predorih, ki so potrebovali premostitve daljše od 15 metrov. Rešitve za premostitve do 15 metrov so bile vključene v projektno dokumentacijo, medtem ko so vse razdalje, daljše od 15 metrov, zahtevale posebne rešitve, ki vnaprej niso bile predvidene.
Odprta trasa
Na tako imenovanem odprtem delu trase, ki poteka v predvkopu, je bilo treba premostiti vrtačo. Premostitvena konstrukcija čez vrtačo je bila zasnovana kot armiranobetonska prednapeta plošča razpetine 31 metrov, izvedena pa je pod obema tiroma. Pri vrtači se je naredila tudi pozidava brežine vkopa v dolžini približno 30 metrov.
Na odprtem delu trase so bile na devetih mestih potrebne še ojačitve temeljnih tal, saj so raziskave pokazale, da tla ponekod niso dovolj stabilna. Uporabile so se do 15 metrov dolge armiranobetonske plošče.
